Η Σχολή ιδρύθηκε το 1915 ως Σχολή Εφαρμογής Υγειονομικών Αξιωματικών και λειτούργησε μέχρι το 1940, οπότε διακόπηκε η λειτουργία της.
Το 1952 συγκροτήθηκε και πάλι ως «ΣΧΟΛΗ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΥΓΕΙΟΝΟΜΙΚΗΣ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ» με πρώτο Διοικητή τον Ταξίαρχο Παπαδόπουλο Χαρίλαο.
Το 1969 ενοποιήθηκε με τη «ΣΧΟΛΗ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΚΤΗΝΙΑΤΡΙΚΟΥ» και από τότε λειτουργεί με την ονομασία «ΣΧΟΛΗ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΥΓΕΙΟΝΟΜΙΚΟΥ».